Al final conseguimos recuperarlo.
Se trata crear de nuevo la base de datos del cms (al reinstalar BO se crea). No se si influye o no, pero nosotros la hemos creado con el mismo nombre que el que se ha perdido.
Despues se crea un universo con el mismo nombre y se exporta.
Se busca el nuevo universo en el sistema de ficheros del servidor de BO y copiamos el universo perdido a esta ruta.
Ahora desde BO ya se puede ver nuestro universo y se puede trabajar con él.
Añado un enlace con un problema similar:
http://www.forumtopics.com/busobj/viewt ... c&start=15
Despues tuvimos problemas con algunos informes y la forma de resolverlo fue similar: crear informes nuevos (salvados con la opción de visible para todos los usuarios), exportarlos y sustituir los archivos nuevos por los antiguos (con el nuevo nombre dado: luego se puede cambiar el nombre)